马英九二十号成为台湾新任领导人，并发表就职演说，题目定为《人民奋起，台湾新生》。在两岸关系部分，马英九认为两岸应该要搁置争议，在“九二共识”的基础上，找到共同利益的平衡点。

马英九发表三千七百字的就职演说，一字一句刻意强化力道，除了谈民主，内容最主要的重心围绕在两岸关系。马英九表示，海峡两岸从今天开始，开启和平共荣的历史新页，维持台湾海峡现状，“不统不独不武”。

马英九善意回应中共中央总书记胡锦涛的十六字箴言，也多次强调盼双方找到和平共荣之道。

整篇就职演说，由长期研究两岸关系的两名幕僚构思，台湾工商界对内容反应两极，有人认为务实，也有人批评了无新意。

凤凰卫视记者林佳慧表示，马英九正式上任，完成台湾第二次政党轮替，不过马英九随即要面对两大课题，一个是来自台湾内部的经济困窘情势，另一个是七月四号的周末包机直航支票能否兑现，这些都考验着马英九团队的执政能力。